مؤسس كنيسة الإسكندرية هو [[مرقس]] كما روى [[جيروم]] و[[أفسابيوس]]، هناك من يشك في ذلك لأن [[أكليمنضوس الإسكندري]] و[[أوريجينس]] لا يذكران ذلك. تعتبر كنيسة صغيرة بعد إنفصال "اللاخلقدونيين" الرافضين لمجمع [[المجمع المسكوني الرابع|خلقدونية]] في القرن الخامصالخامس. كان عدد الخلقدونيين أكثر، مما هو عليه الآن، لكن مع الوقت قل وخاصة بعد دخول المسلمين [[مصر]] إذ أن عدد الكنائس الخلقدونية كانت سبعين كنيسة في القرن السابع بعد ان اعتلى القديس [[يوحنا الرحيم]] الكرسي البطريركي. عدد المؤمنين حالياً لا يتجاوز النصف مليون في كل [[أفريقيا]]. بطريرك الإسكندرية يحمل لقب "بابا"،إذ انه تم إستخدامه في [[الإسكندرية]] قبل [[روما]]، وهو البابا [[ثيودوروس الثاني]].